La cripta ipogea della Favana, il più noto monumento vegliese, presenta una forma architettonica arcaica di origine greco-orientale, comune nel sec. IX-XI. Essa aveva una rilevante funzione culturale per la diversità di pitture affrescate, risalenti ai sec. XIV-XV, raffiguranti santi sia di culto greco (san Michele Arcangelo, santo Stefano, sant'Andrea e sant'Antonio abate) sia di culto latino (SS. Trinità, san Francesco d'Assisi e sant'Antonio di Padova). Interessante appare il soffitto con l'immagine del Cristo Pantocratore e sulle pareti, una Madonna col Bambino e una Madonna Allattante. Nella cripta è presente inoltre, la più antica immagine vegliese del protettore San Giovanni Battista