Sorge sul golfo omonimo, sull'Adriatico, all’inizio della penisola del Gargano, a nord della foce del Candelaro. Il territorio comunale confina con quello di Foggia. Fa parte del Parco del Gargano. E' sede del Museo Archeologico Nazionale. Numerosi reperti, attestano che la piana a sud del Gargano era abitata sin da epoca neolitica, ma è nel 1265 che il re di Sicilia e il principe di Taranto Manfredi, decisero di ricostruire la città, a cui il principe diede il nome, 3 chilometri più a nord. Fu la prima città d'Italia ad essere bombardata da navi austriache durante la prima guerra mondiale, all'alba del 24 maggio 1915. L'economia cittadina è incentrata sull'agricoltura e sulla pesca, per la quale il porto di Manfredonia è tra i più attivi dell'Adriatico. Il cantautore Lucio Dalla passò qui la sua gioventù.